Инициатором возведения храма в честь святых младенцев-мучеников является благочинный Юргинского округа протоиерей Константин Добровольский.
Приход основан 14 июня 2001 года по благословению архиепископа Софрония.
11 января 2004 года, в день, когда Церковь празднует память Вифлеемских Младенцев, состоялся 1-ый Крестный ход маршрутом от храма Рождества Иоанна Предтечи до места строительства храма 14 000 Вифлеемских Младенцев в привокзальной части города.
Кладка храма состоит из кирпичей жертвователей, которые по мере своих возможностей помогали строительству. Из разных городов и областей шли письма от женщин, раскаивающихся в страшном грехе детоубийства (аборта). Они высылали посильную помощь с просьбой подписать их именем кирпичик в строящемся храме, который назван в честь безвинно убиенных Младенцев.
С 2006 года и по нынешний день на месте строительства служатся молебны 14 000 Вифлеемским Младенцам с чтением покаянного акафиста жен, загубивших младенцев во утробе своей.
11 сентября 2007 года в храме Рождества Иоанна Предтечи были освящены восемь колоколов, отлитые для храма. На всех колоколах выгравированы имена жертвователей, а на самом большом – весом 240 кг – имя Владимира Лаврика, который одним из первых стал помогать в строительстве храма, пока его жизнь не оборвалась трагически и внезапно.
14 марта 2008 года установлены купола и водружены кресты.
21 ноября 2008 года установлены колокола.
10 января 2009 года храм был освящен Владыкой Аристархом, епископом Кемеровским и Новокузнецким, совершена первая Божественная Литургия.
Святынями храма являтся: икона с частицами мощей 14 000 Вифлеемских младенцев.
С октября 2012 года в храм Преосвященным Иннокентием, епископом Мариинским и Юргинским, был назначен новый настоятель — иеромонах Сергий (Гимбатов).
Настоятель храма Вифлеемских младенцев:
– настоятель храма Вифлеемских младенцев г. Юрги,
– настоятель храма Живоначальной Троицы с. Проскоково Юргинского района,
— ответственный редактор газеты «Вифлеемская звезда» и епархиального сайта,
— руководитель Епархиального центра ресоциализации бездомных граждан «Рука помощи»,