Первый деревянный храм был построен в 1701 году на береговой террасе, второй вновь отстроен деревянный в 1817 году, третий деревянный, на каменном фундаменте, крытый железом – на нынешнем месте в 1902 году. Первая деревянная церковь располагалась на прибрежной террасе. В 1817 году была перестроена на прежнем месте, а в 1902 году выстроена заново с прежним престолом в центре села на площади у Трактовой улицы тщанием прихожан и томского купца Петра Вытнова.

Строительство церкви шло с 1900 по 1902 годы. Рубили ее «в лапу», на каменном фундаменте, покрыли листовым железом, окрашенным в зеленый цвет. Сруб церкви канонического четырехчастного деления: колокольня, трапезная, храм и апсида. Храмовая часть имела второй ярус окон, завершалась восьмигранным куполом и соединялась притвором с трехчастной колокольней под шатровой крышей. Трапезная освещена шестью высокими пятигранными окнами с коваными решетками, а храмовая часть – четырьмя окнами первого этажа. Северный и южный входы храмовой части были оформлены резными крыльцами. Церковь венчалась шестью куполами с позолоченными крестами. Окна украшались коваными фигурными решетками и наличниками. Вокруг церкви был сад с погостом, огороженный деревянной изгородью.

Состав прихода на 1914 год: с. Зеледеевское; дд. Варюхина (8), Черная (30), Кожевникова (15), Томилова (4), Асанова (10), Елгина (15), Мальцева (10), Лукина, Макурина, Ново-Макурина. Состав причта: священник и псаломщик. Прихожан 4313 человек. Земли при церкви числилось 99 десятин. Благочиние 2 Томского округа. В приходе имелись молитвенный дом в д. Варюхиной вмц. Екатерины Александрийской; две церковно-приходские школы в с. Зеледеевском и д. Варюхиной; школа грамоты и церковная библиотека  в д. Черной.

    После закрытия в 1938 году и разграбления в 1940 году, храм использовался в качестве помещения для клуба. В 1950-х годах был разобран купол, второй этаж храма и колокольня, а здание было приспособлено под склад. В 1990-х годах в село стал регулярно приезжать священник из Юрги (чаще всего о. Константин Добровольский) для совершения треб и Таинств. Богослужения проходили по домам. 31 августа 2000 года церковь  была передана верующим, совершена первая Божественная Литургия. 17 ноября 2005 года был освящен крестильный храм в честь святых мучеников Флора и Лавра. В 2009 году к основному зданию крестильного храма  была пристроена колокольня. Шесть колоколов заняли свое место на звоннице. В 2010 году был увеличен Алтарь: пристроены Апсида, пономарка и ризная. Весь храм утеплен и обшит блок-хаусом.